Oficialmente instalado no dia 05 de março de 1988, o Seminário de Teologia "São João Maria Vianney", deu início aos trabalhos com 6 seminaristas, tendo o Pe. Darcy Altoé como reitor, os padres Dalton Menezes, Marco Antônio Schwan e João Batista Maroni como colaboradores. Seis meses depois, se refaz a equipe de formação, tendo o Pe. Marco Antônio Schwan como reitor e o Côn. Jefferson Luiz de Magalhães como orientador espiritual.

O curso de Teologia, desde então, é feito no Instituto de Filosofia e Teologia da Arquidiocese de Vitória, na Cidade Alta, centro de Vitória - ES.

Em 1988, o Senhor Bispo, D. Luiz Mancilha Vilela, elaborou o documento O perfil do Presbítero para a Igreja de Cachoeiro de Itapemirim, fundamentado no Documento 30 da CNBB - "Formação dos Presbíteros na Igreja do Brasil".

Em 1997 a Diocese adquire outra casa, ao lado do Seminário de Teologia, para a qual é transferido o Seminário de Filosofia, tendo sido nomeado o Pe. Valdece Schuenk como reitor.